Como el protagonista principal de esta novela -el doctor Kronz-, su autor es un viajero, en este caso ecuatoriano -nacido en Quito- que ha vivido en Navarra y en París. Javier Vásconez ha recorrido los dos continentes en que «parece» ambientarse su última novela: Europa y América. Y digo que parece porque El viajero de Praga es la historia de un checoslovaco, Josef Kronz, que realiza un viaje en principio concreto -Praga, Barcelona- que se difumina en un itinerario deliberadamente confuso. La historia se inicia en Praga, en un mundo enfermo que el doctor Kronz se encargara de socorrer.
Tras la decisión de unas merecidas vacaciones, se dirige a un pueblo de la sierra. De esas vacaciones quedará el recuerdo obsesivo de Violeta. Más tarde, el retorno a Praga y el viaje a Barcelona, con la excusa de dictar un seminario. Allí deambulará por el barrio chino, trabajará, olvidándose de su profesión, en una pajarería, y vivirá en una desolada pensión. El sentimiento que predomina en este viajero es el de extrañeza, donde quiera que vaya. Concluida su estancia en Barcelona -enturbiada por ciertos chantajes y engaños de los que es víctima, Kronz decide establecerse en Sudamérica. Consigue un puesto de médico en un páramo, en una región sin recursos, asolada por el cólera y el embrutecimiento moral de sus pobladores. Es un pueblo dominado por una docena de familias que practican el incesto para no mezclarse con los indios; una estirpe degenerada, en un ambiente de podredumbre, esperpéntico. Pero el involuntario apego al recuerdo sacude a Kronz quien, a veces, se siente incapaz de diferenciar entre lo real y lo ilusorio. Es un viaje sin retorno, antiépico por estar desprovisto de heroicidades y de sentido.
Como la vida y los personajes de su mundo, como la estructura de la novela, el viaje es cíclico. Toda esta epopeya gira en tomo a una idea central: al viajero le parece que ya había estado antes y que ya había conocido a esa gente anteriormente. Es un sueño cíclico, repetitivo, obsesivo, en un tiempo circular, al estilo de las novelas míticas. El final y el principio se unen en un círculo que se cierra y que el personaje recorre obsesivamente. Del círculo jamás se sale. En realidad, lo único que permanece es la soledad, la profunda soledad.